2044年的纽约，大反派朗格企图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵。忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗齐心协力反击敌人却败下阵来。怀抱着忍者最强武器——希望，莱昂纳多将其弟子凯西送回到过去时空，在过去时空里找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，拯救世界。然而当凯西回到过去后，他需要面对的不仅是实力强劲的朗格，还有心智不够成熟、能力不够强大的忍者神龟们。在此实力悬殊、内忧外患的危急时刻，神龟和凯西能否重拾希望并粉碎大反派朗格的阴谋？ 由于被陷害参与暗杀，失落的忍者家族必须以自己的方式对抗地下核掩体中的超自然强敌——变异者和食人僵尸。 被围困在地下千尺，忍者们将直面地狱... 故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。 纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Mich 将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！     忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战斗,而忍者神龟们也在战斗中得到了提高! 
