《精灵宝可梦XY&Z》是“XY”系列的第三季，故事紧随其后XY2之后，讲述击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生的神秘联系也逐渐明朗…… 以宝可梦大师为目标继续旅行的主人公小智和搭档皮卡丘来到了新的冒险舞台“神奥地区”。随后，他们与目标成为顶级协调训练家的小光和她的波加曼邂逅，一同踏上旅程。各种各样的邂逅，了解同伴的重要，在战斗中洋溢炽热的友情，不断成长。 双胞胎兄弟的玄学——哥哥李浩然拥有英雄梦却是废材，弟弟李浩言天生顶尖超能力却只混吃等死。性格能力天差地别的双胞胎兄弟的爆笑日常！弟弟因为成绩优秀在学校相当受欢迎，私下他拥有几乎无所不能的超能力，仿佛漫画里的超级英雄。哥哥虽然成绩不好，做的一手好菜、运动能力超群，心地善良、热血且精力旺盛，怀揣英雄梦但却只是平凡到不能再平凡的普通人。兄弟俩小心的隐藏着弟弟的超能力，开启一场爆笑又温馨的校园生活…… 葡乐镇来了一位神秘来客，他有着一把神奇的万能发射器，可每次使用时，总会阴错阳差的给自己和小镇带来麻烦，危急时刻，布鲁可小队紧急出动，和小伙伴们一起凭借智慧和勇气，上演了精彩的救援故事。 这一季布鲁可来到了新基地，同时收到了“守护源星石”的新任务。为了推进任务的执行，葡萄队长给了他们创新力晶块，在晶块能量的帮助下，布鲁可变身成独属战车，而这些战车也各自拥有其专属的战斗技能。完成战队升级 布鲁可战队守卫森林源星石的故事继续上演着。某天，葡萄队长在训练中告知布鲁可战队，创新力晶块还有巨大的潜力留待他们自己领悟与开发。在一次勘察任务中，布鲁可战队同时遇上了两位破坏者，困境中的三人成功激发创 小智一行人抵达了小光预备参加宝可梦华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的在地女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗宝可梦-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说中的宝可梦在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让它们远离这座城镇。随着两大神之宝可梦的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了 很久以前，在欧鲁德朗城曾经爆发一场很严重的战争，勇者亚朗于是决定借助世界初始之树及梦幻的力量来平息战争，为了不让自己的搭档宝可梦—路卡利欧随自己一起牺牲，亚朗于是将它封印在权杖内，就这样过了好几百年...到了现代，小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办纪念勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典的对战大赛中拿到优胜，荣获勇者的名号。当晚正当大家正沉醉在快乐的舞会时，梦幻却出现了，并带走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了路卡利欧，路卡利欧对于亚朗 小智一行人为了观看一千年才出现七天的千年彗星，而来到了某处，正好有移动式游乐园也到了这里。在游乐园内，他们认识了魔术师巴特勒与他的助手黛安。在表演中，小胜不时听到有人在呼唤他的声音，巴特勒得知后，并告诉他们有关基拉祈的事，同时将沉眠之茧交给他们。传说当千年彗星造访地球的时候，只要有心地纯真的人当搭档，基拉祈就能从沉眠之茧中苏醒七天，之后就会再次沉睡。基拉祈具有实现人们愿望的能力，表面和善的巴特勒，背地却想利用基拉祈的力量来达成自己的野心，小智等人有办法保护基拉祈吗？在这不可思议的七天七夜里，一场冒险即将展 水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝——拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密地看守着守护这座城市的宝石：心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？ 
