很久以前，在欧鲁德朗城曾经爆发一场很严重的战争，勇者亚朗于是决定借助世界初始之树及梦幻的力量来平息战争，为了不让自己的搭档宝可梦—路卡利欧随自己一起牺牲，亚朗于是将它封印在权杖内，就这样过了好几百年...到了现代，小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办纪念勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典的对战大赛中拿到优胜，荣获勇者的名号。当晚正当大家正沉醉在快乐的舞会时，梦幻却出现了，并带走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了路卡利欧，路卡利欧对于亚朗封印自己的事十分不能谅解。这时小胜跑了过来告诉大家梦幻带走了皮卡丘。十分担心皮卡丘安危的小智等人，于是并决定在路卡利欧及探险家琪朵小姐的带领下，前往梦幻所居住的地方—世界初始之树...