故事发生在202X年。日本被深深的闭塞感所包围，被世界打上了夕阳国的烙印。为了打破这种没有出口的局面，首相鹫田（柄本明饰）启动了一个项目。通过人工智能从全国选拔领导人，让他们承担起治理颓废城市的重任。 进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手 讲述倒下后失去记忆的清洁工女子（小松菜奈 饰）与没有名字和过去的记忆的警备员（松田龙平）在小岛的金矿相遇，在含糊不清的现实之中互相吸引的故事。 为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为 
