樋口健太郎（泽城美雪 配音）的双亲在幼年时因车祸而去世，性格内向沉默寡言的他在学校里并不活跃，唯一的好友便是外表帅气成绩优秀的绫小路天（斋贺弥月 配音）。某日，一个叫做美纱（田村由里香 配音）的女孩出 一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿&quo 邪电王国的希拉博士因为妒忌人类的超文明，于是向地球进行连串破坏行动。久保田博士下令健太、耕一祈、瞬、千里和杏子变身成电磁战队百万连者，进行对抗邪电的行动。其后，更出现了第六位战士早川裕作，起初新战士不 
