香港重案组督察Sam率众捣毁了某跨国犯罪组织的巢穴，并把该组织首脑之一Night捸捕归案，但他没想到的是， Night会在其花重金聘请的能言善辩的律师团的帮助下仅以协助偷运人蛇罪被判3年监禁，对此Sam虽很失望，但仍暂时舒了口气，携妻子Ann来到巴黎游玩散心。 谁料Night的哥哥Day派的杀手早在巴黎埋伏。在巴黎购物中心，Ann不幸被杀手暗杀，Sam虽侥幸逃脱，却无法安然接受事实。回到香港后，Sam 辞掉了督察职务，开始了隐居生活，可是在无意间结识来自日本的漂亮女记者后，他对生活又有了新的理解。 香港重案组督察Sam率众捣毁了某跨国犯罪组织的巢穴，并把该组织首脑之一Night逮捕归案，但他没想到的是， Night会在其花重金聘请的能言善辩的律师团的帮助下仅以协助偷运人蛇罪被判3年监禁，对此Sam虽很失望，但仍暂时舒了口气，携妻子Ann来到巴黎游玩散心。谁料Night的哥哥Day派的杀手早在巴黎埋伏。在巴黎购物中心，Ann不幸被杀手暗杀，Sam虽侥幸逃脱，却无法安然接受事实。回到香港后，Sam辞掉了督察职务，开始了隐居生活，可是在无意间结识来自日本的漂亮女记者后，他对生活又有了新的理解。 香港闹市街头，一辆押款车被前科累累的重犯曹楠（胡军 饰）劫持。重案组高级督察吕明哲（刘德华 饰）率队赶往现场，与曹楠一伙发生激烈火拼。谁知危机关头，一辆突然出现的汽车搅乱战局。曹楠趁机逃走，而那辆车的 香港世道不景气，普通人的日子不好过，连黑白两道的人也日陷窘境。打拼多年的黑道小人物三脚豹（刘青云 饰）诚实忠义，但在利益至上的年代他的忠义既珍贵又可笑。好不容易帮助当年的好兄弟凸眼龙（姜皓文 饰）经营 MB Jet（冯德伦）倚仗年轻和出众外形，十分自负与玩世不恭，认为同不同男人之间的性交易不过是场游戏，但偶遇神秘男子Sam（吴彦祖）与女子Kana（舒淇）后，他被Sam的独特气质吸引，幻想能同Sam有 奇艺坊马戏团在马来西亚巡回演出，团员们偶然听说二战时期日本人留下的宝藏的消息。在飞刀高手张大初（邹兆龙 饰）的带领下，他们一行五人杀害寻宝者，一心想成为飞刀行家的小人物桑尼（郭富城 饰）尾随前来，亲眼 明朝嘉靖年间，倭寇年年侵犯我东南沿海边境，烧杀抢掠，无恶不作，但嘉靖皇帝昏庸，不理朝政，兵部侍郎朱纨一再请求发兵抗倭，嘉靖皇帝为了不受吵扰，派朱纨领军浙江平倭。朱纨沿水前行，遭到倭人伏击，得周将军解围，周将军护送宝物时，又遭到倭寇伏击，江湖盐贩曹顶出手相救，朱纨决定将曹顶收入军中，共同抗倭。倭寇入侵李村，曹顶率众前往解围，女扮男装的畲寨郡主阿珠也半途杀出，一番激战，把倭寇赶下了大海，而曹顶希望打探出倭寇的巢穴，一举剿灭，即化装成盐商，深入倭穴，并将送贡银的假消息泄露给倭寇，倭寇头目博多津调动人马，倾巢出动 本片是《麦兜故事》系列的第三部，由现实和动画两部分故事组成。                     
