时为满清雍正元年，结束了血腥的夺位之争，新的君主（陈建斌 饰）继位，国泰民安，政治清明，但在一片祥和的表象之下，一股暗流蠢蠢欲动。尤其后宫，华妃（蒋欣 饰）与皇后（蔡少芬 饰）分庭抗礼，各方势力裹挟其 1939年4月，侵华日军在南京设立了一个秘密的细菌生化武器的作战基地——荣字1644部队。它是继臭名昭著的713部队以后建立的规模更大、更为隐蔽的细菌武器基地。荣字1644部队主要是研究、培养、制造致命的细菌：霍乱（即虎烈拉）、伤寒、鼠疫等用于实战。在它存在的六年间，因试验细菌武器而杀害的人数最少为1200人，其中包含着进行惨无人道的“活体解剖”而惨死在手术台上的人。他们中间大多数是中国人，也有少数其他国籍的外国人。1998年8月，在1644部队的生产工厂遗址挖出了几十具被支解的尸骨，至今仍可检测出含有 公安英雄宋名扬在卧底过程中，击毙了境外贩毒集团的头目“金少爷”。其姐化名施雨入境，开始实施对宋名扬一家的“报复计划”。宋明扬与刘子昂决定将计就计，制定了针对对手报复计划的“猎隼计划”。暂不知情的战友傅伟，秉公执法，坚持调查，提议开除宋的警籍，送宋去“强制戒毒”等，给宋名扬带来了一次次的“麻烦”。施雨的“报复计划”在贩毒集团内部也引起了矛盾，于是“尽快干掉宋名扬”成了另一势力韩森的目标，使得宋名扬身处枪口，险象环生，演绎了一场“明卧底”的生死悲歌。宋名扬大智大勇，殚精沥血，最后终于破获毒贩的“麦金通道”。 三十年代的上海，军统为破获一个日军绝密的通讯密码本与日特之间展开了代号为“九耳犬”的情报行动。傅约翰被我方情报专家农先生推荐进入特行组，由一个自由不羁的青年成长为一个沉稳睿智的战士。他深入日特机构“居酒屋”，靠一只猫获得重要情报，他躲过多次试探测验，巧妙地解救了农先生和同学小岩，他成功获得密码本、捣毁日方化武基地，与女特工武藤杏子斗智斗勇，却也深陷杏子疯狂的爱情和报复之中。同时，他又与萌萌、牧兰陷入感情纠葛，而好兄弟好战友童虎则因“身份”的突然转换而被迫投日。最终，爱恨情仇灰飞烟灭，傅约翰又投入了新的战斗 
