经过五百年的轮回，前作中《聪明伦文叙》中的明代状元伦文叙等人，一起穿越历史时空来到了现代社会，大家聚集在咸蛋小学。在咸蛋小学里，我们的主人公伦文叙机智聪明，才华横溢，常常为同学出谋划策，解决困难；伦文叙最好的搭档——欧小仙，是个看起来非常萌的小神仙，在下凡时出点意外导致失忆，会一点奇妙但又不靠谱的法术。他们俩和活泼又捣蛋的同学和奇葩老师们弄得咸蛋小学不得安宁。尽管校长誓将咸蛋小学建设成为全国优秀名校，却因长期经营不善，濒临倒闭，这引起金蛋小学校长的觊觎。贵族学校金蛋小学，财大气粗，一直伺机吞拼咸蛋小学：被收买了的咸蛋小学训导主任时常上演无间道，给伦文叙和咸蛋小学添乱；而金蛋小学的学生又不时上门挑衅，给咸蛋小学制造难题和危机。