「人类」遭到非比寻常的「兽」的蹂躏而灭亡了。除了独自从数百年沉眠中苏醒的青年威廉以外。唯有「圣剑」与使用圣剑的妖精兵能代替「人类」打倒「兽」。战斗过后，「圣剑」能再次被他人使用，但用尽力量的妖精兵们却会殒命。「至少，我也希望自己不用消失，也想让别人记住。我也想留下羁绊啊。」这是注定赴死的妖精少女们和青年教官共度的，既短暂又灿烂的日子。 小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。 《精灵宝可梦XY2》是宝可梦游戏改编电视动画连续剧的第五部，主题是“美丽”，“羁绊”，“进化”，伴随而来的是明显的画质提升、着重针对人物心理的描写和全新的剧情设定。动画主角一如既往是小智和皮卡丘，旅行的搭档则是来自于卡洛斯地方的新伙伴莎莉娜、希特隆和柚丽嘉。 小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台—合众地方，这里居住着许多他们所不知道的神奇宝贝。当小智知道合众地方亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。 
