故事发生在未来世界之中，在那里，怪盗和侦探是两个同样活跃但相互对立的群体，长久以来，两个群体之间一直维系着相互制约和对抗的微妙平衡。在这样一个动荡的时代中，有一些人拥有着名为“Toys”的特殊能力，拥有这种特殊能力的人们有着比平常人更为缜密的逻辑思维和敏锐的观察能力。天真烂漫活泼可爱的雪莉福德、成熟冷静充满了高贵而优雅的气质的阿蒂尼亚、性格内向沉默寡言十分喜欢读书的艾露克露和个性大大咧咧心直口快的让崎妮洛，这四名拥有特殊能力的少女们展开了和怪盗之间的争斗。 天才大侦探福尔马林，虽是丧尸，但智商一点也不比单细胞生物低！和普通丧尸不同，福尔马林通过换脑就能获得不同能力，随时变身古今中外各行强者！可谓是“没有解决不了的难题，只有买不到的大脑！”如此强大的福尔马林没有骄傲自满，为了正义与真相还有房租，他决意粉碎一切罪恶，破解所有的诡计。 在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理对决。 被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子…… 故事发生在民国，一位有名的侦探破获很多离奇案件的故事。上海滩的警察厅探长吴世光和同事崔友和、助手董少杰组成一个侦破团队，主持正义，去邪扶正，破获了多起大案要案，成为当时威震上海滩的大侦探。 就读帝丹高中的工藤新一（沟端淳平饰），是拥有过人推理能力的高中生名侦探。他的青梅竹马毛利兰（忽那汐里饰），则是曾经荣获冠军的空手道高手。新一与小兰虽然两心相许，但始终没有表白。有一天，当新一醒来之后，发现身处白色的密闭空间，而小兰就在自己身边，两人还被手铐铐在一起。接着新一又看到小兰的父亲——开设侦探事务所的毛利小五郎（阵内孝则饰），也倒在房间里。三个人完全想不起来为何会被关在这里，后来小五郎找到了一封给新一的信，信中表示这个白色房间是送给新一的礼物。 冷战结束后，天控局面临被解散的危险，但是这个美国最大的特务机关，依旧担负着重要的使命。不过，近期天控局总部却遭受了突发性袭击，导致特工们都有被身份曝光的危险。其中也包括强壮如牛、身手不凡的23号特工（ 这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。 以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！ 某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于 
