这一季的故事会在“外星事务管理局”（简称B·E·A）中发生。而侯烨等孩子们就是被这个神秘机构所选中，成为了实习小特工。孩子们随着主角侯烨的经历，体会成长的烦恼与欢乐，明白要有怎样的担当才能称为真正的成 根据郑渊洁作品《皮皮鲁送你100条命》改编。本季讲述安全特工队为守护魔方市民的安危，发挥各自能力与红蓝鼻子在魔方市展开高强度对抗，人类负能量竟成为反派核心武器！红蓝鼻子谁将化身终极大Boss？ 本季度动画故事承接《奇趣特工队超时空奇兵3》的故事发展。奇趣特工队需要阻止行动越发激烈的柠檬博士，保护好关键时刻。凯奇、闪电猫、艾尔、嘟嘟公主，四名超能小英雄组成的奇趣特工队与来自未来世界的青青一同奋战。他们驾驶时间飞船，作为超时空救兵，前往一个又一个的关键时刻，与伟人名人们通力合作，一次又一次挫败柠檬博士的计划。然而青青却在这个过程中被来自未来的超级特工捉住了。奇趣特工队费尽心力，总算救出了青青。然而。柠檬博士却趁机进一步对时空展开破坏。为了阻止柠檬博士，奇趣特工队联合一切可联合的帮助，开始了这场保护历 具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为 她本是21世纪的一名军医，一场战斗牺牲后，重生到了玄武大陆… 
