在一个虚拟的“星座学院”里发生的一系列有趣的探案故事 第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕 “Orphism的手镯”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切 都将会在第2季中得到解答。第2季中最大的亮点就是将有一个五人团体“Orphism Order”设下谜题，待主人公大门界人和他的朋友们来接受挑战。 能一览东京街道的高635m的铃木塔。在开幕仪式中，在展望台的男性客人被外部狙击而倒下。正好在场的柯南通过子弹的轨道中找出了狙击点，但对狙击的射程来说那是“不可能的距离”。和女高中生世良真纯一起追逐狙击手，只差一步却让对方逃走了。日后，FBI和警视厅开始了联合调查，浮出水面的是海军特种部队“海豹突击队”的存在。 毛利侦探事务所接到了爆炸预告电话。毛利小五郎怀疑这是恶作剧，但紧接着停在事务所前路上的车爆炸了。犯人在留下了神秘暗号并威胁说：“如果找不到炸弹的话，将会有更多的人牺牲。”那个时候，在东都体育场观看J联赛比赛的柯南，因为小兰打来的电话开始针对听到的爆炸预告进行暗号解读。在时间逼近的时候，柯南能平安找到炸弹吗？ 因为极度腹痛而倒下的金田一，被送到了不动山市内有名的圣正综合医院。然而偶然的，金田一在医院的厕所里发现了尸体。尸体的脖子上有着明显的注射痕迹，地板上又别有用意的放置了一个“铃”。这个铃，据说是和三年前 据说光仅仅是从那里毕业，人生的成功就等于掌握在手掌心的“私立 希望之峰学园”。然而能够进入这学园的，仅限于极少数的人们——被称为“超高校级”，拥有突出才能的学生们而已……。而现在，有一位少年正准备踏入这一所学园。没有什么值得一提的特征，极为平凡的主角·苗木诚。他就是透过抽选，拥有入学许可的唯一一位“超高校级”的幸运的持有者。面对自己的幸运及崭新的环境，苗木难掩心中的兴奋。但是等待着他的，却是完全想象不到的事态。当苗木踏进这学园的大门的同时，冲击遍布了整个身体。苗木再次睁开眼睛时，他与其他十四名伙伴一同 会捉鬼除妖降魔的夏家弟弟夏冬，暑假期间帮助考古队去解决一些事情，唤醒了墓里一位沉睡千年的古代皇子，然后带他回家，二人相处，并抓鬼降妖共同生活。 在那座歌剧院发生了第三起杀人事件！即将被拆迁的歌剧院中，一群有缘人被招待观赏最后的公演，同样被招待的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人也再次被卷入其中。『今晚，歌剧院最后之夜，将上演两具尸体所点缀的华丽 
