江湖少侠李元芳偶然救下的美男子，竟是大理寺卿狄仁杰，一桩凶案使二人联系到一起，李元芳受到狄仁杰的赏识，随他回大理寺一同破案，却渐渐发现，二人似乎早就相识，而自己的秘密也隐藏不住… 柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现…… 舞台剧女演员牧树里收到了怪盗基德的预告信。基德的目标是，牧树里在舞台剧《约瑟芬》上使用的明星蓝宝石戒指。被委托保护宝石的毛利小五郎推理说基德会化身演员在舞台公演中盗取。公演当天，中森警部等人也参加了，在戒备森严的状态下舞台的幕布拉开，而基德却大胆地以新一的姿态出现在柯南的面前。然而，事件将进一步展开…… 公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”（并非“信息化的存在”）。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成 一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人到达游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人同时努力调查敌人的真面目时，危机不时展露眼前，时间一分一秒地逼近，敌人同时无赖地设下最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一…… 不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。 专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么，是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行。警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探。柯南与毛利小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但他们却意外地守口如瓶。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：Need not to know（无须知道）这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关…… 在铃木园子的邀请下，柯南、小兰和少年侦探团一行参加了在太平洋航行的豪华客船阿佛洛狄忒号的处女航。很多名人和政界人士也来乘坐这艘优雅的海上游轮，但正在捉迷藏的时候铃木园子被人绑架、监禁了。凭借柯南的机智九死一生，这次在船上又发生了杀人事件。柯南注意到15年前发生的货船第一八代丸的沉没事故和半个月前发生的交通事故之间的关联…… 开发了1年内成长人类5年份的人工智能“诺亚方舟”的天才少年弘树自杀2年后，米花市政大楼举行了虚拟体感游戏“茧”的发表会。但是，过程中发生了杀人案。柯南为了寻求案件的线索进入了茧，但是系统被诺亚方舟支配，孩子们被当作了人质！释放条件是通关游戏。柯南在19世纪末的伦敦，挑战了追逐杀人魔的舞台。 毛利小五郎因为抽中了30万日元的奖金，原本想一个人去巴黎玩。但是最后只好带了兰、园子、阿笠博士和少年侦探团一行人来到了充满传说的小岛。 这个小岛有沉入海底的古代遗迹，海底宫殿和300年前确实存在的两个女海贼遗留下来的宝藏的传说…… 
