幽火船诡火杀人惊现刺桐港，绝世宝藏引江湖齐聚桐花客栈，赤焰卫秦鹄少年意气大战鼎剑三少，名动天下，为查清诡火杀人案的真相，秦鹄需要先找到传说中的药王传人——惊鸿公子…… 能一览东京街道的高635m的铃木塔。在开幕仪式中，在展望台的男性客人被外部狙击而倒下。正好在场的柯南通过子弹的轨道中找出了狙击点，但对狙击的射程来说那是“不可能的距离”。和女高中生世良真纯一起追逐狙击手，只差一步却让对方逃走了。日后，FBI和警视厅开始了联合调查，浮出水面的是海军特种部队“海豹突击队”的存在。 纽约的拍卖会场。以3亿美元中标了在第二次世界大战中消失的《芦屋的向日葵》的梵高自我临摹稿的铃木次郎吉，收集了散落在世界各地的7张《向日葵》，准备召开前所未有规模的展览会。但是，在记者会上出现了基德卡，混乱的会场上还出现了新一的身影！载有《向日葵》和铃木园子等人的客机飞向日本，着陆前货仓安装的炸弹爆炸，机体起火。 专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么，是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行。警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探。柯南与毛利小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但他们却意外地守口如瓶。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：Need not to know（无须知道）这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关…… 不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。 在日卖电视台发生了爆炸案！此时，引领日本百人一首界的“皋月会”正举办记者会，人群陷入大恐慌！在崩塌中的大楼内，只有关西名侦探——服部平次和他的青梅竹马——远山和叶被困，千钧一发之际柯南将他们平安救出。案件如恐怖袭击一般，然而犯人的目的无人知晓这一无法理解的状况令柯南和平次不禁感到蹊跷。爆炸骚动中，柯南与坚称是平次未婚妻的女子相遇。她的名字是大冈红叶。红叶竟然是竞技歌牌的高中生冠军。意想不到的是，和叶决定赌上平次向红叶挑战百人一首，拜颇具实力的平次之母静华为师，开始了特训的日子。与此同时，在京都岚山的日 “天下第一智”罗霄与“富贵世子爷”严安承携手闯荡江湖，寻找传说中“紫溟天阶”的线索，过程中，破获诸多离奇案件，逐渐摸索出一个鲜为人知的阴谋。 主人公姜爻在追查友人失踪案件时，意外卷入了一场浩劫之中。但更令他感到震惊的是，他发现在背后袭击自己的，竟然是一个“不该存在于世”之人，而此人又似乎与主人公追寻的那位失踪友人有着千丝万缕的关系。为了查清友人失踪的真相，也为了摆脱幕后黑手的纠缠，姜爻在一红发男子的指引下，开始接触某个神秘的异能者组织“灵御台”。然而他还不知道的是，眼前的一切只是危机的序幕，一场跨越千年的阴谋已悄然苏醒。 “针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中。次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不会就此罢手，而制造更大的灾难。柯南调查了这位朝仓知事的经历后，推测在其出任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查…… 一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人到达游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人同时努力调查敌人的真面目时，危机不时展露眼前，时间一分一秒地逼近，敌人同时无赖地设下最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一…… 
