距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行动，将目标指向了拥有“尾兽”的忍者村。鸣人与“晓”，双方之间的冲突一触即发。自《火影忍者疾风传》播出的时点起，已共有8部火影忍者剧场版上映。加上《火影忍者》第一期时上映的3部剧场版，合计11部。 吴大师训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金武器，以维护世界和平。 为了保护平凡的上班族安海政免受妖魔的侵害，天才女忍者出浦白津莉与他签订了以寄宿（白吃白喝）为条件的主仆契约。虽然有着轻松击败妖魔的实力，但白津莉的本质却是一个沉迷于游戏的阿宅尼特族。被政宠坏的白津莉过 平凡なサラリーマン・安海政を妖魔から守護するべく、                     &nbs 2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。里奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成功接头，并和忍者神龟们汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。 四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了…… 繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源…… 城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。 将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！ 随着和平的到来而走向近代化的木叶隐村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。 
