《旗旗号巡洋舰》讲述皮皮鲁和性格各异的玩具船员们（铁皮警察、橡皮鸭、小蜡兔、木头象、熊医生），在驾驶旗旗号巡洋舰寻找童童港的途中，认识了各种各种的玩具，并帮他们解决麻烦和实现愿望的故事。